Etapa 2 (del día 3 al día 7). Las grasas, formadas por ácidos grasos transformados, se dividen para liberar el glicerol de las moléculas de glicéridos, que son convertidas en glucosa. La piel puede hacerse aceitosa cuando los aceites rancios son purgados del cuerpo. Las personas sin problemas en la piel pueden tener espinillas durante unos días o incluso pústulas. Un cutis pálido es también signo de toxinas en la sangre. Se forman cetonas por la oxidación incompleta de las grasas. Se piensa que las cetonas en la sangre suprimen el apetito, afectando el centro de saciedad en el hipotálamo. Se puede sentir hambre durante los primeros días del ayuno, pero este efecto es temporal y el deseo de comer desaparecerá. La falta de hambre puede durar de 40 a 60 horas, dependiendo de si se consume agua o zumo.
El cuerpo se acostumbra al ayuno, y el sistema digestivo toma un reposo muy necesario, enfocando todas sus energías en la limpieza y la curación. Los leucocitos y la actividad del sistema inmunológico aumentan. Puede sentirse dolor en los pulmones. Los órganos, entre ellos los pulmones, están en proceso de reparación. Periódicamente, el sistema linfático expulsa la materia mucoide por la nariz o la garganta. El volumen emitido de este moco de color amarillo puede ser muy grande. Los senos nasales pasan por períodos de obstrucción, hasta que quedan totalmente limpios. El aliento es todavía maloliente y la lengua se ve sucia. Dentro del intestino, el colon está siendo reparado y las heces impactadas en la pared intestinal empezarán a soltarse.
